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1. 基于自注意力网络的深度图匹配模型
徐周波, 陈浦青, 刘华东, 杨欣
《计算机应用》唯一官方网站    2023, 43 (4): 1005-1012.   DOI: 10.11772/j.issn.1001-9081.2022030345
摘要466)   HTML54)    PDF (2118KB)(279)    收藏

现有深度图匹配模型在节点特征提取阶段常利用图卷积网络(GCN)学习节点的特征表示。然而,GCN对节点特征的学习能力有限,影响了节点特征的可区分性,造成节点的相似性度量不佳,最终导致模型的匹配精度受损。为解决这一问题,提出一种基于自注意力网络的深度图匹配模型。所提模型在节点特征提取阶段使用新的自注意力网络来学习节点特征,其原理是通过空间编码器和自注意力机制分别学习节点的空间结构以及所有节点之间的联系,从而改善节点的特征描述。此外,为了减小放松图匹配问题所带来的精度损失,将图匹配问题建模为整数线性规划问题,在图匹配问题的节点匹配基础上增加结构匹配约束,以及引入高效的组合优化求解器来计算图匹配问题的局部最优解。实验结果表明,在PASCALVOC数据集上,与PCA-GM相比,所提模型在20类图像上的匹配精度平均值提高了14.8个百分点;在Willow Object数据集上,所提模型在5类图像上的匹配精度平均值提高了7.3个百分点,并且在自行车、植物等目标匹配任务上达到了最佳的效果。

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2. 基于邻居信息聚合的子图同构匹配算法
徐周波, 李珍, 刘华东, 李萍
计算机应用    2021, 41 (1): 43-47.   DOI: 10.11772/j.issn.1001-9081.2020060935
摘要445)      PDF (755KB)(379)    收藏
图匹配在现实中被广泛运用,而子图同构匹配是其中的研究热点,具有重要的科学意义与实践价值。现有子图同构匹配算法大多基于邻居关系来构建约束条件,而忽略了节点的局部邻域信息。对此,提出了一种基于邻居信息聚合的子图同构匹配算法。首先,将图的属性和结构导入到改进的图卷积神经网络中进行特征向量的表示学习,从而得到聚合后的节点局部邻域信息;然后,根据图的标签、度等特征对匹配顺序进行优化,以提高算法的效率;最后,将得到的特征向量和优化的匹配顺序与搜索算法相结合,建立子图同构的约束满足问题(CSP)模型,并结合CSP回溯算法对模型进行求解。实验结果表明,与经典的树搜索算法和约束求解算法相比,该算法可以有效地提高子图同构的求解效率。
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3. 基于XGBoost与拓扑结构信息的蛋白质复合物识别算法
徐周波, 杨健, 刘华东, 黄文文
计算机应用    2020, 40 (5): 1510-1514.   DOI: 10.11772/j.issn.1001-9081.2019111992
摘要321)      PDF (643KB)(366)    收藏

蛋白质相互作用(PPI)网络中存在大量不确定性及已知蛋白质复合物数据的不完整性,单独地根据结构信息进行搜索或对已知复合物进行监督学习的方法在识别蛋白质复合物的准确性上存在不足。对此,提出一种XGBoost模型与复合物拓扑结构信息相结合的搜索方法(XGBP)。首先,根据复合物拓扑结构信息进行特征提取;然后,把所提取的特征用XGBoost模型进行训练;最后,将拓扑结构信息与监督学习方法相结合,建立特征与复合物之间的映射关系以提高蛋白质复合物预测的准确性。该算法分别与目前流行的马尔可夫聚类算法(MCL)、极大团聚类方法(CMC)、基于核心-附属结构算法(COACH)、快速层级聚类算法(HC-PIN)、基于重叠邻居的扩展聚类(ClusterONE)、分子复合物检测算法(MCODE)、基于不确定图模型的蛋白质复合物检测方法(DCU)和加权核心-附属算法(WCOACH)这八种非监督学习算法和三种监督学习方法贝叶斯网络(BN)、支持向量机(SVM)、回归模型(RM)进行比较,所提方法在精准度、敏感度、F-measure方面显示出良好的性能。

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4. 基于自注意力网络的深度图匹配模型
徐周波 陈浦青 刘华东 杨欣